Pada awal tahun shōnen manga, lelaki dan kanak-kanak lelaki memainkan semua peranan utama, dengan wanita dan kanak-kanak perempuan mempunyai hanya tempat tambahan seperti adik-beradik, ibu-ibu, dan kadang-kadang teman wanita. Satu daripada sembilan cyborg dalam Cyborg 009 ciptaan Shotaro Ishinomori pada 1964, hanya seorang wanita, dan dia segera terhapus dari aksi. Beberapa shōnen manga terkini hampir meninggalkan wanita, contohnya, kisah seni mempertahankan diri Baki the Grappler oleh Itagaki Keisuke dan fantasi ghaib Sand Land oleh Akira Toriyama. Walau bagaimanapun, pada tahun 1980-an, gadis dan wanita mula memainkan peranan yang semakin penting dalam shōnen manga. Sebagai contoh, adalah Toriyama 1980 Dr. Slump, watak utama yang merupakan robot gadis nakal dan berkuasa Arale Norimaki.

Peranan anak-anak gadis dan wanita dalam manga untuk pembaca lelaki telah berkembang dengan ketara sejak Arale. Satu kelas yang dipanggil gadis cantik (bishōjo) diwujudkan.[14] Kadang-kadang wanita itu tidak boleh dicapai, tetapi dia sentiasa menjadi objek emosi wira dan/atau kepentingan seksual, seperti Belldandy daripada Oh My Goddess! oleh Kōsuke Fujishima dan Shao-lin dari Guardian Angel Getten oleh Minene Sakurano.[15] Dalam cerita-cerita lain, wira dikelilingi oleh gadis-gadis dan wanita, seperti dalam Negima oleh Ken Akamatsu dan Hanaukyo Maid Team oleh Morishige.[16] Protagonis lelaki tidak sentiasa berjaya dalam membentuk hubungan dengan wanita itu, sebagai contoh apabila Bright Honda dan Aimi Komori gagal membentuk hubungan dalam Shadow Lady oleh Masakazu Katsura. Dalam kes lain, aktiviti seksual pasangan yang berjaya digambarkan atau tersirat, seperti Outlanders oleh Johji Manabe.[17] Dalam kes-kes lain masih, wira mulanya naif dan tidak matang membesar untuk menjadi seorang lelaki dengan mempelajari bagaimana untuk menangani dan hidup dengan wanita emosi dan seksual, seperti Yota dalam Video Girl Ai oleh Masakazu Katsura, Train Man in Train Man: Densha Otoko oleh Hidenori Hara, dan Makoto dalam Futari Ecchi oleh Katsu Aki.[18][19]

Contoh Shōnen manga yang mempunyai protagonis wanita termasuk Fairy Tail, Soul Eater, and Bukan Masalah Saya Jika Saya Tidak Popular! (It's Not My Fault That I'm Not Popular!).